Предложил осваивать запасы марганца в Джезды, которые были обнаружены раньше. Рудник построили за 40 дней, в июне 1942-го уральские заводы уже получили нужный элемент. Коллектив наградили Сталинской премией. В 1940-е годы Каныш Сатпаев — крупнейший организатор науки в КазССР: с 1941 года занимал пост заместителя председателя филиала АН СССР; за успешное развитие КазФАН награжден орденом Ленина; доказывал необходимость создания национальной АН; начал подготовительную работу к этому в 1944 году. В начале июня 1946-го была торжественно открыта АН КазССР, а также избран первый президент Академии Наук Казахской ССР — Каныш Сатпаев.
