Министерство возглавляет систему органов и подразделений внутренних дел Приднестровской Молдавской Республики, в которую входят милиция, внутренние службы и иные подразделения, созданные в установленном порядке для осуществления задач, стоящих перед органами внутренних дел.
МВД ПМР имеет свою структуру, которая определяет внутреннее строение как самого Министерства, так и подведомственных органов и подразделений. Развитие структуры Министерства позволяет обеспечить защиту личности, общества и государства от преступных посягательств.
Министерство в своей деятельности руководствуется Конституцией ПМР, законами, указами и распоряжениями Президента и иными правовыми актами, действующими на территории Приднестровской Молдавской Республики, общепризнанными принципами и нормами международного права.
Деятельность Министерства строится в соответствии с принципами уважения и соблюдения прав и свобод человека и гражданина, законности, гуманизма, сочетания гласности и соблюдения профессиональной тайны, сотрудничества с органами государственной власти и управления и местного самоуправления, общественными объединениями и гражданами, а также соответствующими органами иностранных государств.
