Водоросли составляют важнейшее и, как правило, базовое (на уровне с планктоном) звено многих пищевых цепей. Они предоставляют возможность многим организмам вступать с ними в коменсалистские отношения, давая тем возможность спрятаться от хищников и обустроить для себя жилое пространство. Также некоторые водоросли очищают водоемы от разнообразных загрязняющих факторов, например, газов. Отдельные виды водорослей служат субстратом для откладывания в их поверхность икры разнообразными видами рыб и других жителей водных просторов.
