Многие простейшие служат кормом для некоторых мелких ракообразных, моллюсков. Простейшие участвуют в осадочных отложениях горных пород. В древности люди использовали осколки кремня для изготовления оружия и бытовых предметов. Многие простейшие являются носителями опасных болезней, среди которых немало смертельных, например, малярия.
