Чередование е-и в корне пример: запирает-запер (дело в суфиксе) прочищает-можно ли каким то образом букву и "заменить" на е? правило знаю,просто не могу с этим разобраться.

Смотри ты должен(а) выделить корень и если после корня стоит суффикс -а- то пиши и , а если его нет то пиши е 
В ЭТОМ СЛУЧАЕ ПРАВИЛО НЕ РАБОТАЕТ ПОСКОЛЬКУ КОРНИ ДРУГИЕ,  ПОПОЗЖЕ СКИНУ ЧЕРЕДУЮЩИЕСЯ КОРНИ