Родился 27 июля 1946 года в посёлке колхоза имени 1 Мая Каркаралинского района Карагандинской области. Имя его происходит от казахского слова «тоқта», что означает «остановиться». Такое имя казахи издавна давали ребёнку мужского пола, который родился после череды умерших новорожденных или когда все предыдущие новорожденные были только девочками. Токтар был у родителей первым мальчиком после двух девочек. Происходит из подрода[уточнить] Таз-Бұлбұл рода Каракесек племени аргын.[1]
Окончил 8 классов средней школы, затем работал токарем на Темиртауском литейно-механическом заводе, одновременно учился в вечерней школе. Завершив в 1965 году обучение в средней школе, поступил в Армавирское высшее военное авиационное училище лётчиков ПВО. В 1976 году окончил школу лётчиков-испытателей и был направлен на испытательную работу на авиазавод в Улан-Удэ, но вскоре с шеф-пилота ОКБ Микояна Александра Федотова был переведён на эту фирму. В 1979 году заочно окончил Московский авиационный институт имени Серго Орджоникидзе.
В 1976—1991 годах — лётчик-испытатель ОКБ имени Микояна. За время работы освоил более 50 типов самолётов. Работал в Крыму по тематике самолётов корабельного базирования. Первым в СССР совершил бе полёт в район Северного полюса и с двумя дозаправками в воздухе. 1 ноября 1989 года произвёл посадку и первый в истории отечественной авиации взлёт истребителя (МиГ-29К) с палубы тяжёлого авианесущего крейсера «Тбилиси».
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 31 октября 1988 года за мужество и героизм, проявленные при испытании новой авиационной техники, Токтару Онгарабаевичу Аубакирову было присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
6 ноября 1990 года был удостоен звания Заслуженного лётчика-испытателя СССР.
В 1991 году в соответствии с договорённостью между правительствами СССР и Казахской ССР приступил к тренировкам в Центре подготовки космонавтов имени Ю. А. Гагарина.
2 октября 1991 года стартовал в космос вместе с Александром Волковым (командир экипажа при старте) и австрийским космонавтом Францем Фибёком в качестве космонавта-исследователя космического корабля «Союз ТМ-13». В течение недели работал на борту орбитального комплекса «Мир». Продолжительность пребывания в космосе составила 7 дней 22 часа 13 минут. 10 октября 1991 года возвратился на Землю вместе с Анатолием Арцебарским (командир при посадке) и австрийским космонавтом Францем Фибёком на борту космического корабля «Союз ТМ-12».
