Оба варианта верные. Всё зависит от контекста.
1) Когда вы пробежите километр, у вас откроется второе дыхание. ИЛИ: Так вы пройдете или пробежите километр до станции? ИЛИ: За то время, что вы пробежите километр, черепаха пройдёт от силы десять метров (глаголы стоят в изъявительном наклонении, приказа или совета бежать нет)
2) Пробегите километр - и у вас откроется второе дыхание. (глагол стоит в повелительном наклонении, мы даём совет человеку пробежать километр)
