Смотря в каком смысле оно употребляется. Если человек и правда кивает т.е. качает головой вверх и вниз — это прямое значение и не фразеологизм. Но если говорится, что человек кивнул головой, а на деле такого не делает, то это знак согласия и фразеологизм.
