Заповедник изначально проектировался как комплексный экосистемный и стал вторым в «цепочке» ООПТ, охватывающих к настоящему моменту практически всё побережье Байкала. Создание заповедника послужило ответом экологов СССР на начало строительства печально известного Байкальского ЦБК. Одной из важнейших задач заповедника является охрана ненарушенных кедровых лесов. В настоящее время заповедник служит эталонной территорией для оценки воздействия аэропромвыбросов промышленности Южной Сибири на лесные экосистемы.
Площадь — 165 724 га с учетом изменений, внесенных распоряжением СМ РСФСР от 20 июня 1973 года № 366-р.
Количество кластеров — 1.
