Маркакольский заповедник расположен в восточно-казахстанской области, в окрестностях озера Маркаколь. Площадь 102 972 га.
Охраняет природные природные комплексы лугов, степей, лиственничной тайги, горных темнохвойных лесов, зарослей пихтового стланика, субальпийских и альпийских лугов и каменистых тундр на склонах гор Южного Алтая в районе лежащего на высоте 1,5 км высокогорного озера.
