Ліві притоки : Хемчик, Кантегир, Абакан, Кем, Кас, Сим, Дубчес, Єлогуй, Турухан, Мала Хета, Велика Хета, Танама.
Праві притоки : Ус, Кебеж, Туба, Сида, Сісім, Мана, Кан, Ангара, Великий Піт, Підкам'яна Тунгуска, Бахта, Нижня Тунгуска, Курейка, Хантайка, Дудінка.
К главным левым притокам Енисея относятся:
Абакан, Хемчик, Кемь, Кантегир, Кас, Дубчес, Сым, Елогуй, Турухан, Малая и Большая Хета, Грязнуха.
К крупнейшим правым притокам Енисея относятся:
Ус, Сыда, Кебеж, Сисим, Туба, Ангара, Мана, Кан, Подкаменная Тунгуска, Нижняя Тунгуска, Большой Пит, Бахта, Хантайка, Курейка, Дудинка.
