На территории республики располагаются бассейны пяти рек: Белой, Урала, Тобола, Ика и Буя. Главные среди них - Агидель-Белая (1430 км) и Каридель-Уфа (918 км). Имеется около 800 озер, значительное количество прудов и водохранилищ. Самыми большими являются озеро Аслыкуль (22 кв.
