Вода в море сильно опресненная, особенно в удаленных от Датских проливов районах. Причина - многочисленные реки и речушки (почти 250) впадающие в море.
Среди крупных рек можно отметить Неву, Нарву, Вислу, Кемийоки, Западную Двину, Неман, Одру.
Течения в море образуют циклональный круговорот, часто их направление и скорость корректируют ветра.
Приливы в море очень низкие - 5-10 см, однако ветровые нагоны воды, особенно в узких заливах могут превышать 3-4 метра.
Береговая линия Балтийского моря сильно изрезана. Здесь много крупных и мелких заливов, бухт, мысов, кос. Северные берега скалистые, по мере продвижения к югу скалы и камни сменяются песчано-галечными смесями и песком. Здесь берега низкие, равнинные.
Острова материкового происхождения, особенно много небольших скалистых островков в северной части моря. Крупные острова: Готланд, Борнхольм, Сарема.
