Имидж и музыкальный стиль группы меняется от альбома к альбому почти до неузнаваемости, что даёт повод причислять её и к индастриалу, и к глэм-року, и к ню-металу. Несмотря на то, что отдельные элементы перечисленных стилей присутствуют в музыке Marilyn Manson, полностью творчество группы не укладывается ни в одну из заявленных категорий.
Как отмечает американский музыковед Чарльз Мюллер, коллектив часто причисляют к готической музыке, однако такое определение совершенно ошибочно. В то же время Мюллер выделяет в творчестве группы элементы таких разнородных стилей, как глэм-рок, хардкор, хэви-метал, панк-рок.
