Исторической основой для «Хованщины» стали события, произошедшие на Руси после 1682 года, когда после смерти царя Фёдора Алексеевича власть фактически перешла к царевне Софье, хотя официально коронован был десятилетний Пётр. После случившегося в мае стрелецкого бунта фактически властвовал князь Иван Хованский (этот период известен как «хованщина»). Мусоргский же использовал не только события конкретно этого бунта, но и второго (1689) и некоторые фрагменты третьего (1698), после которого власть окончательно перешла к Петру I.
В письмах Мусоргского первое упоминание работы над «Хованщиной» датируется летом 1872 года, хотя по мнению музыковедов он мог задумать новую оперу раньше. В написании оперы Мусоргскому критик Владимир Стасов, с которым композитор постоянно вёл переписку. Мусоргский писал «Хованщину» с перерывами до последних дней жизни, но так и не довёл до конца: остался незавершённым мелкий фрагмент в финальной сцене и почти полностью отсутствовала оркестровка — бо́льшая часть музыки была записана композитором в виде клавира. Благодаря изданиям писем Мусоргского и опубликованных Павлом Ламмом партитур композитора стало известно о ходе работы над «Хованщиной». Впервые всю оперу оркестровал Николай Римский-Корсаков. Он значительно изменил оперу, дописав необходимые связки, сменив тональность некоторых фрагментов, а также убрав некоторые фрагменты. Партитура Римского-Корсакова была издана в 1883 году и вызвала критику, связанную с тем, что он не сохранил истинного замысла композитора. В то же время музыковеды отмечают, что если бы не работа Римского-Корсакова, «Хованщина» бы могла и не попасть на сцены оперных театров. Несмотря на усердную работу, комитет Мариинского театра по приёмке произведений не допустил оперу к постановке. Тем не менее, «Хованщину» поставили сначала силами артистов Музыкально-драматического кружка любителей, а спустя десять лет в Русской частной опере. Партию старца Досифея там исполнял Фёдор Шаляпин.
