Ехали в машине родной отец и родной сын, попали в аварию отец умер на месте сына с тяжёлыми травмами в больницу, приходит хирург и говорит "я не буду оперировать своего родного сына" вопрос, как такое возможно ?

Не сказано, что ехали отец с сыном, написано, родной отец и родной сын. Значит, хирург- это отец парня, а погибший мужчина был отцом хирурга. В машине ехали дедушка с внуком.