Завдяки довірливим стосункам із царем Мазепа зміг скористатися великим козацьким повстанням, що вибухнуло на підлеглому полякам |Правобережжі в 1702 р. Після того як цей район знову було заселено, шляхта Речі Посполитої спробувала вигнати звідти козаків. Джерела підтверджують, що І. Мазепа фінансував правобережне козацтво, його ватажків, забезпечував їх зброєю, саме він організував на Правобережжі повстання, аби зайняти цю українську територію. Незабаром перед повстанцями впали такі твердині Речі Посполитої, як Немирів, Бердичів та Біла Церква (див. Облога Білої Церкви (1702)). З утечею на захід шляхти Речі Посполитої, схоже, було на те, що розгортається щось на зразок зменшеного варіанту 1648 року (див. Хмельниччина). Однак 1702 року полякам удалося відвоювати значну частину втрачених земель і взяти С. Палія в облогу в його «столиці» Фастові. Саме в цей час у Річ Посполиту вдерся найбільший ворог Петра І — король Швеції Карл XII. Скориставшись замішанням, Мазепа переконав царя дозволити йому зайняти Правобережжя. Знову обидві частини Наддніпрянської України були об'єднані. На вимогу царя та урядовців Речі Посполитої І. Мазепа арештував С. Палія, з яким у нього у той момент теж не склалися стосунки (полковник зловживав алкоголем і не підкорявся наказам володаря булави).
