Тема крестьянских восстаний, особенно волновавшая Пушкина с начала 30-х гг., была только затронута в «Дубровском». Раздумья над ней обратили мысль Пушкина к восстанию Пугачева. У поэта возникает замысел романа о пугачевском восстании и дворянине-пугачевце. 31 января 1833 г. Пушкин набрасывает первый план своего нового произведения, героем которого вначале должен был явиться Михаил Александрович Шванвич — реальное лицо — офицер гренадерского полка, перешедший на сторону Пугачева и впоследствии сосланный в Сибирь.
В июле 1833 г. Пушкин ходатайствует об отпуске для поездки в те места, где происходили события задуманного им романа. Одновременно шла работа над «Историей Пугачева» (см. т. 7).
В августе 1833 г. Пушкин выехал в Оренбург и на Урал собирать материалы как по «Истории Пугачева», так и для задуманного им романа о пугачевском восстании. Первоначальный план романа претерпел существенные изменения. Последний вариант плана, наиболее близкий к тексту «Капитанской дочки», относится к октябрю — ноябрю 1834 г. Из планов видно, что в романе постепенно все более усиливалась тема пугачевского восстания, а вместе с тем конкретизировалось и «романическое происшествие» — история любви героя романа и дочери коменданта крепости.
Работа шла медленно. Роман был закончен осенью 1836 г. Представив его в цензуру, Пушкин 25 октября 1836 г. писал цензору П. Корсакову: «Имя девицы Мироновой вымышлено. Роман мой основан на предании, некогда слышанном мною, будто бы один из офицеров, изменивших своему долгу и перешедших в шайки пугачевские, был помилован императрицей по престарелого отца, кинувшегося ей в ноги. Роман, как изволите видеть, ушел далеко от истины». 1 ноября 1836 г. Пушкин читал свой роман на вечере у П. А. Вяземского.
«Капитанская дочка» впервые была напечатана в «Современнике» (1836, т. IV). Осталась неопубликованной, вероятно по цензурным соображениям, глава о бунте крестьян в деревне Гринева, которую Пушкин в своих бумагах назвал «Пропущенной главой». Она увидела свет только в 1880 г.
В работе над «Капитанской дочкой» Пушкин широко использовал собранные им исторические и фольклорные материалы и сделанные им во время поездки в Оренбургский край записи бесед с очевидцами пугачевского восстания.
Эпиграфы в «Капитанской дочке» взяты: к первой главе — из комедии Якова Княжнина «Хвастун» (1786); ко второй — из сборника Чулкова «Собрание русских песен», 1770—1774, ч. III; к четвертой — из комедии Княжнина «Чудаки» (1793); к пятой, шестой и седьмой главам — из сборника Чулкова, чч. 1 и 2; к девятой — из стихотворения Михаила Хераскова «Разлука»; к десятой — из поэмы его «Роcсияда» (1779), песнь одиннадцатая; к главе одиннадцатой — эпиграф, приписанный Александр Сумарокову, сочинен самим Пушкиным в подражание «Притчам» Сумарокова; к двенадцатой — переделка народной песни, записанной Пушкиным в Михайловском; к тринадцатой — сочинен Пушкиным в стиле комедии Княжнина.
