Потому что чувство Татьяны задело какие-то струны в его душе, он проникся этим и постарался понять ее. Он был с ней очень добр и ласков, объяснил, почему они не могут быть вместе. Хотя он мог ничего не объяснять или, что еще хуже, просто воспользоваться ею, сыграть на ее чувствах. В общем, Онегин действительно проявил благородство в этой сцене.
