Родился в семье торговца свечами Саввы Евтихиевича Никитина (1793—1864).
Учился в воронежской духовной семинарии. Семинария дала Никитину многое, однако казенная и скучная система образования юноше не нравилась, и свое отношение к этому укладу жизни он потом выразит в «Дневниках семинариста» (1861).
В 1844 году отец Никитина купил на улице Кирочной постоялый двор и поселился с сыном и семьёй здесь. Однако пьянство и буйный характер отца привели семью к разорению, вынудившему Никитина бросить семинарию и стать содержателем постоялого двора.
После первых публикаций Никитин вошёл в кружок местной интеллигенции, сложившийся вокруг Николая Ивановича Второва. Близкими друзьями Никитина стали сам Второв и ещё один из участников кружка, Михаил Фёдорович Де-Пуле (будущий душеприказчик, биограф и редактор изданий сочинений Никитина).
Оставаясь содержателем постоялого двора, Никитин много занимался самообразованием, изучая французский и немецкий языки, а также произведения русских и зарубежных писателей (Шекспира, Шиллера, Гёте, Гюго и других). В 1859 г. Никитин воспользовался ссудой в 3000 рублей, полученной при посредничестве друзей от известного предпринимателя и мецената Василия Александровича Кокорева, и открыл в центре Воронежа книжный магазин с читальней, который быстро стал одним из центров культурной жизни города.Скончался И. С. Никитин от чахотки 16 октября 1861 года в Воронеже, где и был похоронен. Со временем кладбище ликвидировали, на его месте построили цирк. Могилу И. С. Никитина и ещё несколько могил, одна из которых — захоронение другого известного поэта А. В. Кольцова, не тронули. Это место огорожено и называется «Литературный некрополь».
