В 1976—1991 годах — лётчик-испытатель ОКБ имени Микояна. За время работы освоил более 50 типов самолётов. Работал в Крыму по тематике самолётов корабельного базирования. Первым в СССР совершил бе полёт в район Северного полюса и с двумя дозаправками в воздухе. 1 ноября 1989 года произвёл посадку и первый в истории отечественной авиации взлёт истребителя (МиГ-29К) с палубы тяжёлого авианесущего крейсера «Тбилиси».
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 31 октября 1988 года за мужество и героизм, проявленные при испытании новой авиационной техники, Токтару Онгарабаевичу Аубакирову было присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
6 ноября 1990 года был удостоен звания Заслуженного лётчика-испытателя СССР.
В 1991 году в соответствии с договорённостью между правительствами СССР и Казахской ССР приступил к тренировкам в Центре подготовки космонавтов имени Ю. А. Гагарина.
2 октября 1991 года стартовал в космос вместе с Александром Волковым (командир экипажа при старте) и австрийским космонавтом Францем Фибёком в качестве космонавта-исследователя космического корабля «Союз ТМ-13». В течение недели работал на борту орбитального комплекса «Мир». Продолжительность пребывания в космосе составила 7 дней 22 часа 13 минут. 10 октября 1991 года возвратился на Землю вместе с Анатолием Арцебарским (командир при посадке) и австрийским космонавтом Францем Фибёком на борту космического корабля «Союз ТМ-12».
Статистика
Стартовый корабль Старт, UTC Экспедиция Корабль посадки Посадка, UTC Налёт Выходы в открытый космос Время в открытом космосе
1 Союз ТМ-13 02.10.1991, 05:59 Союз ТМ-13, Мир Союз ТМ-12 10.10.1991, 04:12 07 суток 22 часа 12 минут 0 0
