Қорықта 1000 аса жоғары сатылы өсімдіктер, оның ішінде 12 түрлі ағаш және 22 түрлі бұта бар. Шөптесін өсімдіктер ішінде к қ өсімдіктер басым болып келеді. Марқакөл мемлекеттік табиғи қорығының жануарлар дүниесі де әртүрлілігімен ерекшеленеді.Қорықта сирек кездесетін әдемі көбелектер- аполондар және махаондар, сондай- ақ алқызыл көбелек, ақкөбелек, ошаған көбелегі, қалақай көбелегі, қарала көбелек, көккөбелек, перламутрлы көбелектер және басқалары кездеседіОмыртқасыздардың су фаунасы әжептәуір зерттелген.
