Е.Бекмахановтың ғылыми мұрасы оның тақырыптарының алуан түрлі болуымен, тарихи мәселелерді кең қамтуымен және оларды байыпты шешуімен ерекшеленді. Оның еңбегінің бастысы 1947 жылы Алматыда орыс тілінде жарық көрген "XIX ғасырдың 20-40 жылдарындағы Қазақстан" атты монографиясы болды. Осы тақырыпта 1946 жылы Мәскеуде тарих мамандығы бойынша докторлық диссертация қорғаған.
