1991 жылы 2 сәуірде Кеңес Одағы Ғарышкерлер даярлау орталығында ғарышқа ұшу дайындығына кірісіп, сол жылы 2 қазанда Байқоңырдан «Союз ТМ-13» кемесімен ғарышқа ұшты. 1991 жылы 10 қазанда Жерге оралды.
Әубәкіров тек қана ғарышкер емес, сонымен қатар экспериментке қатысқан алғашқылардың бірі. Ол бірінші рет қазақ ғалымдарының тәжірибе барысында жасаған қазақ асханасының сублимацияланған тағамдарын қолданып көрді. Бұл тағамдарға: айран, ірімшік, ет жатады.
