Родился Борис Годунов в 1552 году, незадолго до покорения Казани, в семье вяземского помещика средней руки Федора Ивановича Годунова. Об отце Фёдоре почти ничего неизвестно, кроме прозвища «Кривой», которое даёт нам представление о физической внешности отца Бориса. Отец Бориса Фёдор и его брат Дмитрий помимо семейных поместий под Вязьмой, с которых несли поместную службу государю, также владели небольшой вотчиной и в Костроме.
После смерти отца вяземского помещика Федора Кривого (†1569) Бориса взял в свою семью его дядя Дмитрий Годунов. В годы опричнины Вязьма, в которой находились владения Дмитрия Годунова, перешла к опричным владениям. Незнатный Дмитрий Годунов был зачислен в опричный корпус и вскоре получил при дворе высокий чин главы.
