Иннокентий III был энергичным противником ереси и провел несколько кампаний против неё. В начале своего понтификата он сосредоточился на альбигойцах, также известных как катары, — секте, которая приобрела множество сторонников на юго-востоке Франции, в том числе графов Тулузы. Катары отвергали авторитет и учение католической церкви.
