Родился в 1340-х годах в Великом Устюге. Русский. Его отец Симеон по прозванию Храп был церковнослужителем городского Успенского собора, а мать Мария — дочерью местного кузнеца Ивана Секирина
Сопровождая отца на службу в храм, Стефан выучился церковному пению и уставу. Рано обучившись чтению, Стефан прочёл все книги, которые мог найти в Устюге. Вероятно, в это же время он выучил не только великопермский язык зырян, но и близкий к удмуртскому языку язык пермян .
Стремясь к продолжению образования, Стефан переселился в Ростов и принял постриг в монастыре Григория Богослова, который славился своей библиотекой
