1. Спора используется в ходе бесполого размножения, а семя - в ходе полового. С генетической точки зрения половое размножение лучше, чем бесполое, так как особи будут иметь отличный от материнского генетический набор и будут более при к условиям окружающей среды, а в ходе бесполого размножения генетический набор во всём поколении одинаковый.
2. Семя представляет собой многоклеточное образование, содержащее в себе полноценный зародыш, а спора является одноклеточным образованием.
3. Для того, чтобы росток мог первое время развиваться без особых нагрузок в семени имеется огромный запас органических веществ для питания молодого растения до того момента, пока то не окрепнет. Спора же имеет минимальный запас веществ, поэтому у проросшей споры шансов на выживание меньше.
4. У высших споровых растений спора образуется в результате мейоза, у низших споровых растений в результате митоза. Семя у семенных растений так же образуется в ходе митотического деления (сами половые клетки, в результате слияния которых и начинает развиваться семя, образуются в ходе мейоза).
5. Семя имеет семенную кожуру, которая защищает семя от механических повреждений (у покрытосеменных растений так же образуется плод, который предоставляет зародышу ещё большую защиту), а спора не имеет защитных образований.
