Первым этапом было формирование Черноморского казачьего войска, которое было создано в результате переселения запорожских казаков из Украины в Россию. После присоединения Новороссии к России, полунезависимая запорожская вольница была ликвидирована, но многим казакам предоставили для заселения новые земли на юге России.
Вторым этапом было создание собственно Кубанского войска путем объединения Черноморского войска и Кавказского Линейного. Кавказские линейные казаки были потомками донских и волжских казаков, и держали укрепления против набегов горцев Северного Кавказа. Их, как и потомков запорожцев, включили в состав нового войска.
