В начале XVI века в Ногайской Орде начался упадок. В 1550-х годах после присоединения Казанского, Астраханского ханств к России, Ногайская Орда распалась на несколько владений, часть ногайского населения пошла в состав Младшего жуза казахов.
В начале XVII века Ногайская Орда стала зависима от Крымского ханства и турецких султанов. В конце XVIII века после падения Крымского ханства царское правительство стало преследовать ногайцев. Уцелевшие переселились в Турцию, на Северный Кавказ, на земли Казахстана.
