Урбан взялся продолжать политику папы Григория VII, при этом показал большую гибкость и дипломатическую утонченность. С самого начала он был вынужден считаться с присутствием в Риме антипапы Климента III. В ходе нескольких сборов, проведенных в Риме, Амальфи, Беневенто и Трое, папа поддержал борьбу против симонии и за право папы на инвеституру, продолжив противостояние с императором Генрихом IV.
Папа одобрил брак графини Матильды Тосканской с Вельфом V, противником императора. Он также принцу Конраду в восстании против своего отца и короновал его королём Италии в Милане в 1093 году. Кроме того, Урбан вышел победителем из борьбы с королём Филиппом I Французским, которого он отлучил за его супружескую неверность.
