Почему здание главного штаба(стиль ампир) и зимний дворец(стиль борокко) считают ансамблем,а исаакиевский собор,по мнению искусствоведов,не вписывается в ансамбль городской площади? !

Возможно, потому что Исаакиевский собор результат трех построек разного времени. О нем еще шутили, что строился тремя правителями, сначала из мрамора, потом их кирпича. То есть собор был построен не в 18 веке, как все остальные здания, а в 19 и не имеет четкого архитектурного стиля.