Решения Алексея Михайловича нередко приводили к бунтам и восстаниям, которые жестоко подавлялись.
1645 год – после установления высокой пошлины на соль в Москве начался «Соляной бунт», который прокатился по всей стране.
1662 год – после выпуска медных монет в Москве вспыхнул «Медный бунт».
1668—1676 годы - Соловецкое вооружённое восстание монахов Преображенского Соловецкого монастыря против церковных реформ патриарха Никона.
1670 год - восстание под предводительством Степана Разина.
