В 1054 году произошёл раскол с восточной Церковью. В 1123 году состоялся первый после раскола собор без участия восточных патриархатов — Первый Латеранский собор (IX Вселенский) и с тех пор соборы стали проводиться более регулярно. C конца XI века началась эпоха крестовых походов, целью которых было отвоевать Святую землю, захваченную арабами ещё в VII веке. Первый крестовый поход был организован в 1095 году по призыву папы Урбана II и привёл к созданию на Ближнем Востоке государств крестоносцев до конца XIII века. Во время первых крестовых походов стали возникать духовно-рыцарские ордена, призванные паломникам и защищать святые места.
В XI веке папство вело борьбу за обладание правом инвеституры; успех борьбы был во многом обусловлен тем, что она велась под популярным среди церковных низов лозунгом искоренения симонии. Реформы были начаты в 1049 году Львом IX и продолжены были его преемниками, среди которых выделился Григорий VII, при котором светское могущество папства достигло зенита. В 1059 году Николай II, воспользовавшись малолетством Генриха IV, учредил Священную Коллегию кардиналов, которой отныне принадлежит право избрания нового Папы. В 1074—1075 годах император был лишён права епископской инвеституры, что в условиях, когда многие епископства были крупными феодальными владениями, подрывало целостность Империи и власть императора. Противоборство папства и Генриха IV вступило в решающую фазу в январе 1076 года, когда организованное императором в Вормсе собрание епископов объявило Григория VII низложенным. 22 февраля 1076 года Григорий VII отлучил Генриха IV от Церкви, что принудило его к акту, известному как хождение в Каноссу.
XI—XII века ознаменовались также существенными изменениями в западной монашеской жизни. Сильное движение за возвращение монашеству первоначальных идеалов бедности и строгости привело к созданию новых орденов со строгим уставом — картезианцев, цистерцианцев, камальдулов. Клюнийское движение, названное так по имени аббатства Клюни во Франции, осуществило реформу бенедиктинской монашеской жизни.
