В 1905 году принял активное участие в массовом антиколониальном выступлении в Каркаралинске, и был одним из составителей петиции, в которой выдвигались политические требования. Букейханов был избран депутатом в Первую Государственную Российскую думу по Семипалатинскому округу, участвовал в составлении документа, названного «Выборгским манифестом», осуждающим роспуск Государтвенной Думы. За активную деятельность против колониальной политики царизма Алихан Букейханов сидел в тюрьмах Семипалатинска и Павлодара.
В 1907 году выходит царский манифест, «дарующий» народам России относительную политическую свободу. Это событие в России внесло свои коррективы и в деятельность казахской интеллигенции, она энергично берется за создание своих печатных изданий. Так первым изданием становится журнал «Айкап», который печатался на казахском языке (на основе арабской графики). Данное издание освещало все стороны жизни казахского народа. Авторы, собравшиеся вокруг журнала, представляли прогрессивную казахскую интеллигенцию. Важное место на страницах журнала занимало обсуждение аграрного вопроса, авторы пытались донести до сознания рядовых членов казахского общества те законы, на основании которых отчуждались исконно казахские земли, разъясняя при этом цели и планы царизма, предупреждая о том, что отчуждение излишков – только начало жесткой политики Российской империи. А. Букейханов также работал в кадетских газетах «Иртыш», «Омич», «Голос» в качестве редактора.
