Вся полнота верховной государственной власти, законодательной, исполнительной и судебной с середины XVI столетия сосредотачивается в руках царя. Все действия органов власти совершаются от имени царя и по царскому указу. Свою власть царь осуществлял непосредственно через Боярскую Думу и Приказ тайных дел (с 1646 года).
