Отличие лежало в разнице законодательного обеспечения понятия "казачество". Реестровые казаки действовали согласно специальному документу, регламентирующем у их деятельность - реестру, от того и название. Низовое же - никакими документами не регулировалось, оно было вне закона.
К реестровым - положительное, к низовым - отрицательное. Причина: разница в законодательном закреплении.