Огромно научное наследие Ш. Ш. Уалиханова - «Предания и легенды Большой киргиз-кайсацкой орды», «Тенгри», «Письмо профессору И.Н.Березину», «Ханские ярлыки», «Образец причитаний», «Песня об Алае», «Киргизское родословие», «О формах казахской народной поэзии», «Исторические предания о батырах XVIII века», «Дневник поездки на Иссык-Куль», «Записки о киргизах», «Заметки по истории южно-сибирских племен», «Дневник поездки в Кульджу», «Очерки Джунгарии», «Записки о судебной реформе»
