В начале XIII в. из среды монгольских князей выдвигается Темучин, которому удалось к этому времени покорить меркитов, майманов, татар и другие племена.. Успешные войны Темучина привели к тому, что в 1206 г. курултай (съезд) монгольских феодалов провозгласил его императором и дал ему имя Чингиз-хана.
В 1207 г. Чингиз-хан отправил своих послов к киргизским племенам, обитавшим в верховьях Енисея, требуя покориться ему. Феодально-родовая знать киргизов без сопротивления признала власть Чингиз-хана.
Беспрерывные войны монгольских захватчиков и ясак (налоги) ложились тяжёлым временем на плечи трудящихся масс киргизов, разоряя хозяйство бедняков. Недовольство киргизов становилось всё сильнее.
В 1218 г. они открыто выступили против владычества монгольских завоевателей..
Чингиз-хан, считая восстание киргизов опасным для упрочения господства монголов на севере, решил быстро и жестоко подавить его. С этой целью на Енисей было отправлено сильное монгольское войско под командованием старшего сына Чингиз-хана - Джучи. Монголы через всю территорию киргизов и жестоко подавили восстание.
Через своего наместника Чиг-ная он выкачивал из страны киргизов продовольствие, одежду и коней.
Под гнётом монгольских завоевателей киргизам жилось очень тяжело. Многочисленные поборы и притеснения монгольских правителей вызывали неоднократные восстания. Крупное восстание было в 1261 г.- в год вступления на престол внука Чингиз-хана - Мунке-хана. Киргизы отказались признать его власть и попытались избавиться от монгольского ига.
Для расправы с непокорными Мунке-хан отправил 20-тысячный отряд. Восстание было жестоко подавлено, и киргизы вынуждены были признать власть Мувке-хана/ Серьёзные волнения среди киргизов были и в конце XIII века.
В 1293 г. брат и преемник Мунке, Хубулай, опасаясь новых восстаний, выселил часть киргизов в Маньчжурию, в область Наян. С этого времени киргизы потеряли своё былое значение на Енисее и стали играть всё меньшую роль в жизни народов Южной Сибири.
Нашествие монголов на Семирекье и Среднюю Азию было исключительно жестоким. Монгольские войска уничтожали селения, разрушали каналы, даже храмы превращали в руины, непокорных жителей убивали или уводили в плен. Экономика народов, живших на территории современной Киргизии, была сильно подорвана. Завоеватели захватили много скота, а жителей насильно заставляли работать для нужд монгольских войск.
В результате завоеваний Чингиз-хана образовалась обширная военная империя, простиравшаяся от Тихого океана до Чёрного моря. Чингиз-хан считал её собственностью своего рода и ещё при жизни разделил между сыновьями на «улусы». Территория современного Кир-гизитана и большая часть Средней Азии составляли владения его второгосына - Чагатая. Коренные земли монголов, земли енисейских киргизов находились под управлением самого Чингиз-хана. Эту часть Монгольской империи наследовал его младший сын - Тулуй.
Власть Чагатая и его потомков в Семиречье продолжалась до 40-х гг. XIV в. В этот период на территории Средней Азии происходили разоритель-ные феодальные войны, в результате которых земледельческая культура в Семиречье пришла в окончательный упадок, а города совершенно исчезли. Заброшенные поля превращались в пастбища, нужные монголам для разведения скота.
В период вторжения монголов в Среднюю Азию значительная часть киргизов перекочевала с Енисея на нынешнюю их территорию. Но, находясь под монгольским игом, киргизы на Тянь-Шане были сильно ослаблены как экономически, так и политически и самостоятельной роли играть не могли.
В середине XIII в. внук Чингиз-хана Батый образовал сильное государство - Золотую Орду, от которой зависели русские княжества и среднеазиатские владения. Но к концу XIV в. из-за феодальной раздробленности, междоусобных войн, а также освободительной борьбы покорённых народов Золотая Орда пришла в упадок. В 1380 г. полчища золотоордынского правителя Мамая были разгромлены на Куликовом поле войсками московского князя Дмитрия Донского. В тот же период Золотой Орде был нанесён удар и со стороны могущественного правителя Средней Азии Тимура.
Моголистан и борьба киргизов за свою независимость.
С середины XIV в., после падения власти потомков Чингиз-хана, в Средней Азии стали господствовать тюркские змиры. В Восточном Туркестане, где всё ещё преобладали монголы, продолжали править монгольские ханы и змиры.
Киргизы Тянь-Шаня входили в состав Моголистана.
Начиная с XV в. Моголистану стала грозить опасность со стороны Ойротского государства (калмыков). В первой половине XV в. ойроты предприняли несколько грабитель-ских походов против Моголистана.
После распада Золотой Орды на территории к востоку от Урала и до низовья Сыр-Дарьи вначале XV в. образовался Узбекский союз, состоявший в основном из кочевников. В него входили и казахские племена.
Пришельцы положили начало образованию нового политического объединения - Казахского союза.
