Учёные, принятые в сотрудники мусейона, занимались натурфилософией, математикой, астрономией, географией, медициной, теорией музыки, лингвистикой и другими науками. Роль мусейона — культурная и религиозная — сохранилась и в эпоху римского завоевания. На базе храма возник неоплатонизм, в котором культ муз играл существенную роль. Мусейон был единственным античным храмом муз, который непрерывно функционировал не менее 800 лет. В III веке его жрецы-учёные встали в оппозицию Александрийской школе, и по мере христианизации Римской империи мусейон утратил научные функции, оставшись исключительно культовым учреждением. Указом императора Феодосия в 391 году он был закрыт. Последним его учёным, известным по имени, был Теон Александрийский, скончавшийся около 405 года. Существуют свидетельства, что на месте бывшего мусейона в Александрии ещё в 530-е годы проводились состязания риторов и поэтов.
