Нескончаемые распри между Степаном Вельяминовым, возглавлявшим Малороссийскую коллегию, и наказным гетманом Павлом Полуботком, так и не признанным на сейме, привели к тому, что в 1726 году в Санкт-Петербурге было принято решение закрыть коллегию и восстановить Гетманщину, избрав нового гетмана. Им в 1728 году стал Даниил Апостол, поддержавший в царствование Петра I Василия Кочубея. В царствование Петра II и Анны Иоанновны права гетмана были существенно расширены: были составлены «Решительные пункты»; запорожцам, жившим в Турции, было разрешено вернуться в Россию, что позволило кошевому Ивану Билецкому вопреки запрету со стороны Крымского ханства прибыть с войском в Белую Церковь и принять русскую присягу. В гетманство Даниила Апостола запорожцы получили возможность селиться в слободских сёлах. По смерти Даниила Апостола в 1734 году (см. Гайдамацкое восстание) Петербург не спешил с избранием нового гетмана, однако следовал «Решительным пунктам», составленным при Апостоле. При Эрнсте Бироне был утверждён указ о Малороссийском правлении, которое выполняло функции гетманской канцелярии на протяжении 16 лет и фактически представляло собой вторую Малороссийскую коллегию.
Гетманщина была восстановлена указом императрицы Елизаветы Петровны, даровавшей земли и титул гетмана графу Кириллу Разумовскому в 1750 году, однако уже в 1764 году указом императрицы Екатерины Великой звание гетмана Войска Запорожского было окончательно упразднено: последний гетман Войска Запорожского граф Кирилл Разумовский был высшим воинским чином генерал-фельдмаршала, а управление Малороссией было поручено графу Петру Румянцеву. Тем не менее, былое административно-территориальное деление Гетманщины сохранялось в России вплоть до 1782 года. В 1782 году в ходе административной реформы вступило в силу общее положение о губерниях Российской империи 1781 года, вследствие чего сотенно-полковое административное устройство было упразднено.
