Союзний флот блокував турецькі кораблі в Патрасском затоці. Турецький командувач вважав, що сили союзників стоять на якорі біля острова Кефалінія, а сам дон Хуан Австрійський вважав, що турки стоять в Лепанто.
Вранці 7 жовтня 1571 року обидва флоту, причому абсолютно несподівано для обох сторін, зустрілися біля входу в затоку в 60 км від міста Лепанто (Навпакт). Берег, до часу приховував сили супротивників, низинний, і перший, хто помітив ворожий флот, були турки. На перебудову кораблів у обох сторін пішло 2 години. Вітрила були спущені, і перестроювання робилися на веслах. Бойовий порядок турецького флоту складався з центру, двох крил і невеликого резерву, який перебував за центром (5 галер, 25 галіота).
