Египетская экспедиция в страну Пунт была, по мнению царицы, самым важным делом за всё её правление. Пунт являлся торговым партнёром Египта со времён Среднего Царства, но экспедиции туда были дорогими, опасными и долгими. Современные историки локализуют Пунт на территории Сомали или Эритреи. По неизвестному нам маршруту из Пунта в Египет доставлялась смола миррового дерева, которая использовалась в религиозных церемониях, а потому высоко ценилась. Когда Нижний Египет был захвачен гиксосами, жрецам пришлось дорого платить за мирру посредникам из Нубии. Когда же армия Хатшепсут завоевала часть нубийских земель, торговля прервалась.
Чтобы решить проблему, Хатшепсут отправила в Пунт морскую экспедицию. Чернокожий военачальник Нехси и 210 солдат и моряков на пяти кораблях направились к цели по Красному морю. Путешествие успешно — египтяне выменяли у пунтийцев мирру, чёрное дерево, экзотических животных, слоновую кость и золото. Преемники Хатшепсут посылали в Пунт новые экспедиции по уже проторённому пути.
