с 1448 по 1589 год московская церковь фактически независимыми киевскими, а затем московскими и всея руси митрополитами.[19] созванный митрополитом ионой в конце 1459 года собор московских епископов констатировал факт разделения митрополии, собор решил быть «неотступным от святой церкви московской»[20].
начиная с правления иоанна iii, в государстве начала формироваться религиозно- и политическая идеология, согласно которой, вследствие политического падения византии, единственным государственным оплотом вселенского православия становилась москва, которая получала достоинство третьего рима. в несколько модифицированном виде эта идея была формально закреплена в уложенной грамоте 1589 года от имени константинопольского патриарха иеремии ii. в церкви в данный период формировался взгляд на благочестие как единственное во всём мире неповреждённое и спасительное учение христа. христиане иных исповедований не считались таковыми и подлежали перекрещиванию при присоединении к православию (q. v. в статье латинство). в результате сформировалась специфически московская религиозность с особым упором на внешний ритуал, абсолютную неизменность богослужебных форм, а также то, что некоторые исследователи именуют «бытовым исповедничеством»[21]
в 1478 году, вследствие присоединения новгорода к московскому княжеству, была окончательно ликвидирована юрисдикционная автономия новгородской епархии[22].
московская митрополия с 1470 по 1504 года была сотрясаема ересью жидовствующих, которую окончательно осудил московский собор 1504 года. с конца xv век до половины xvi века не затихала борьба между нестяжателями и иосифлянами. макарьевские соборы 1547 и 1549 годов провели канонизацию святых в церкви и установили порядок канонизации святых по соборному решению епископов и благословению первого иерарха церкви[23][24]. большое значение в церкви имел стоглавый собор 1551 года. ряд определений стоглава, таких как о двоеперстии[25], о сугубой (двойной) аллилуйе[26] стали предметом споров при проведении церковной реформы в xvii веке, а определение о «небритии брады» и «нестрижении усов»[27] послужило к большему отчуждению старообрядцев[28][29] при проведении реформ петра i в начале xviii века.
