Стрельцы поначалу были на ее стороне, ближайшее боярское окружение, получившее бразды правления из рук регентши, тоже стояло за Софью. Обстановка накалялась, поскольку обе стороны затянувшегося противостояния подозревали друг друга в намерениях развязать для разрешения спора кровавую разборку.
Вскоре Петр издал указ и уже в качестве царя призывал всех стрелецких полковников предстать перед ним, иначе угрожал казнью. Софья в свою очередь пообещала порешить каждого, кто на такое решится. Некоторые все же ослушались, и поехали на аудиенцию к Петру. Видя, что дело не выгорает, Софья попыталась было сама переговорить с братцем, но ее к нему не пустили верные Петру стрельцы. Постепенно на сторону нового царя перешли все военно-политические силы, кроме начальника стрелецкого приказа Федора Шакловитого, остававшегося верным Софье и удерживавшего стрельцов в Москве. Но Петр с верных людей устранил и его. Шакловского арестовали, допросили с пристрастием и после пыток обезглавили.
