Целая серия Башкирских восстаний произошла в 17-ом и 18-ом веках. Основной их причиной было нежелание башкир потерять свое вотчинное право из-за российской колонизации, а также нарушение царской властью некоторых условий договора присоединения Башкортостана к России. Башкиры стремились сохранить систему самоуправления Башкортостана, защитить свою культуру, религию и традиции от христианизации. Они также были недовольны нарушениями вотчинного права, захватами вотчин злоупотреблениями сборщиков налогов и чиновников. Башкиры были недовольны в основном местным управлением, которое позволяло себе полностью незаконные выходки.
Восстание 1704 добилось вотчинного права башкир на свою землю, а уфимское и другие местные администрации получили строгий выговор за злоупотребление властью. Восстание 1735 было провальным для башкир, и государство выбрало самые жестокие методы подавления. Восстание 1737-8 годов были подавлены не менее жестоко. То же произошло и в 1740 году.
Башкиры также приняли участие в крестьянской войне 1773-1775 годов под началом Пугачева. Итог опять же оказался плачевным для башкир, и экономика многих губерний и областей сильно пострадала. Кроме того десятки тысяч башкир были истреблены.
