Взошёл на трон после смерти своего отца — Сеида Абдулахад-хана, правил с 4 декабря 1910 года по 30 августа 1920 года, и был вынужден бежать из эмирата в соседний Эмират Афганистан из-за революции в Бухаре и интервенции Рабоче-крестьянской Красной армии и большевиков, которые установили на территории эмирата Бухарскую Народную Советскую Республику. В вынужденной эмиграции в Афганистане поддерживал Белое движение, сотрудничал с Британской империей, в надежде вернуть власть и возродить эмират.
Эмират Бухара, основанный в 1785 году, с 1868 года имел статус вассального государства Российской империи, с элементами протектората. Несмотря на это, Российская империя позволяла эмирам Бухары управлять своим государством как абсолютным монархам, а, начиная с восшествия на трон Сеид Алим-хана, практически перестала вмешиваться в дела своего вассального государства. Это объяснялось, тем, что в отличие от предыдущих императоров России и эмиров Бухары, у Сеида Алим-хана и Николая II были дружественные отношения.
