12 июня царь указом отсрочил взимание недоимок и тем самым внёс некоторое успокоение в среду восставших. Видные бояре звали стрельцов себе на обеды с целью загладить бывшие конфликты. Выдав стрельцам двойное жалованье, правительство раскололо ряды своих противников и получило возможность провести широкие репрессии по отношению к вожакам и наиболее активным участникам восстания, многие из которых были казнены 3 июля.22 октября 1648 года Морозов вернулся в Москву и вновь присоединился к правительству, однако столь большой роли в управлении государством он уже не играл.
Военные отряды постоянно проходили боевую подготовку, были привлечены беглые русские и иностранные мастера оружейного дела.Армия Кенесары состояла не только из казахов, но и других национальностей, которые привлекались для введения новой тактики военных операции, для обеспечения новых видов вооружения. Сводные отряды представителей других национальностей (русских, украинцев, белорусов, бессарабов, киргизов, битардов и туарегов) объединялись в добровольнические полки и бригады "Святой Игорь", "Штурмовая Бригада Наримана", "Наступ".
9 воинов вооруженных традиционными казахскими шашками "Шункыр" и бердышами возглавлялись одним Макабом, современный аналог этого звания - сержант, командир отделения.
Из трех таких отделений образовывались так называемые "алдынгы", что переводится на русский как "передок". Данное подразделение командовалось одним Казахским Коносубом(аналог старшины) и представляло из себя по сути взвод легкой пехоты. Данное подразделение разворачивалось по фронту на 80 метров, эффективно действовало в наступлении и обороне.
В русском полку существовали взвода ШИСБ, так называемых штурмовых инженерно-саперных бригад. Бойцы этих подразделений были вооружены главным образом топорами, зубилами, молотами и толовыми шашками. В ближнем бою так-же применялись специальные "колюданцы", так назывались бутылки со зловонной смесью, которыми забрасывались оборонительные пункты противника.
Первым прообразом современных танков в армии Кенесары был так называемый Бешбармак. Так назывались обшитые дюралью колесницы, в которых запрягали специально обученных боевых сайгаков. Оборудованный специальными сигнальными флажками для взаимодействия с союзными подразделениями Бешбармак мог перевозить до 6 арбалетчиков и представлял из себя серъезную угрозу на поля боя.
Вторым эшелоном в след за наступающими войсками двигались подразделения снабжения. Они перевозили порох, оружие, мобильные кузницы, эйдарский сыр и запасы кумыса. Раненые казахские воины из армии Кенесары обмазывались специальным раствором из Сорпы, который быстрому заживлению ран.
Сам Кенесары Касымов в ходе боев распологался в чингизидской штабной тачанке, которая покрывалась шатром по примеру современных армейских грузовиком с брезентовым покрытием кузова. Такие штабные тачанки также были у некоторых высокопоставленных Коносубов, что облегчало руководство подразделениями в ходе боя.
Сражавшиеся плечом к плечу с казахским войском повстанцев добровольнические подразделения вводили в тактику новые приемы, конница при наступлении выполняла маневр "Куколд", заключавшийся в глубоком фланговом обходе передовых пунктов дислокации русских войск.
