1. Колегія розглядала скарги на генеральний суд та ратушні суди, військову Канцелярію, полкові та всі інші Канцелярії, була своєрідним апеляційним органом.
2. Також вона мала гати за своєчасним збором та спрямуванням в царську казну хлібних, грошових та інших зборів.
3. Із зібраних грошей колегія мала роздавати платню Гетманській раді, Сердюкам і Компанійцям.
4.Ще одним із обов'язків колегії було вести прибуткові і видаткові книги, надсилати відомості про прибутки і витрати кожну третину року, а кожен рік надсилати прибуткові книги з Прокурором в Сенат.
5. Колегія мала гати за розподілом військового постою на так званих «вінтер-квартирах», а також, якщо виникнуть скарги на когось з цих військових, то в повноваженнях колегії було чинити суд.
за діяльностю Генеральної військової канцелярії також входило в повноваження Малоросійської колегії, як і перевірка гетьманських універсалів та інших документів — щоб гетьманським іменем не підписувались писарі та інші.
