В 1587—1589 гг. — митрополит Московский и всея Руси. Борисом Годуновым в политических интересах была выдвинута идея об учреждении в России патриаршее престола. Царь Федор Иоаннович поддержал это предложение и обратился к восточным патриархам с учредить Московское патриаршество, поставив российского патриарха. Согласие восточных патриархов было получено в 1588 г. после длительных и настойчивых переговоров. Приехавшего в Москву за «милостыней» (деньгами для уплаты дани Турции) Константинопольского патриарха Иеремию фактически принудили основать здесь патриарший престол. Иов был 23 января 1589 г. наречен, а 26 января поставлен патриархом.
Основным делом Иова стало проведение преобразований в русской церкви, намеченных Соборным уложением 1589 г. Почти все епископские кафедры были повышены в ранге, открылось несколько новых. Иов возвел в сан четырех митрополитов, пятерых архиепископов (из шести) и одного епископа на семь задуманных новых епархий. Установил общецерковные праздники некоторым уже признанным ранее святым, канонизировал ряд новых. Патриарх распространению христианства среди инородцев Сибири, Казанского края, Корельской области (Карелия). В Москве, в целях водворения большего благочиния в низшем духовенстве, было учреждено восемь поповских старост.
После кончины царя Федора в 1598 г. Иов оказался во главе государства. Он предложил Земскому собору сделать царем Бориса Годунова. В период борьбы с Лжедмитрием I Иов призвал народ к войне за веру и отечество (январь 1605 г.). После смерти Бориса Годунова организовал присягу молодому царю Федору Борисовичу.
